Типовая структура программы одномерного моделирования динамики цепочки ДНК и ее схемная реализация

Андреев С. С.; Дбар С. А.; Лацис А. О.; Лихачев И. В.; Плоткина Е. А.; Фиалко Н. С.

Аннотация:

Многие задачи моделирования динамики одномерных молекулярных цепочек ДНК имеют сходную и очень простую структуру циклов и зависимостей данных в расчетных формулах. В сочетании с высокой удельной вычислительной нагрузкой, это делает упомянутые задачи идеальными для ускорения счета путем схемной реализации на FPGA. Однако, как показал опыт первых таких реализаций, ошибки при попытках описать эффективные схемы такого рода на языке высокого уровня также имеют очень простой и сходный для разных задач (и разных разработчиков) характер. В нашей работе мы постарались описать приемы эффективного построения таких схем, не привязываясь к конкретной задаче моделирования.

Ключевые слова:

моделирование динамики одномерных молекулярных цепочек ДНК, FPGA, схемная реализация вычислений

Язык публикации: русский, страниц: 16

Направление исследований:

Программирование, параллельные вычисления, мультимедиа

Полный текст на русском языке:

Список цитирующих публикаций:

Экспорт ссылки на публикацию в формате:

Статистика просмотров (обновляется раз в сутки):
за последние 30 дней — 5 (+3), всего с 01.09.2019 — 277

Сведения об авторах:

Андреев Сергей Сергеевич, , ,

Дбар Светлана Алексеевна, , ,

Лацис Алексей Оттович, , ,

Лихачев Илья Вячеславович, , ,

Плоткина Елена Ароновна, , ,

Фиалко Надежда Сергеевна, , ,

	Библиотеки, издания • Поиск публикаций	English
	Публикация