В данной работе проведен анализ распределения межспиральных расстояний в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Были разработаны правила отбора спиральных пар в структурах белковых молекул из Банка белковых структур (Protein Data Bank). Полученное множество спиральных пар было проанализировано с целью его классификации и установления закономерностей структурной организации. Предложена точечная модель двухспирального мотива. По критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей, полученное множество разбито на три подмножества. В работе получены гистограммы распределения всех типов спиральных пар в зависимости от расстояний между спиралями. Представлены статистические оценки распределений межплоскостного и минимального расстояний для спиральных пар различных типов, принадлежащих различным множествам.

структурные мотивы белков, спиральные пары в белковых молекулах, точечная модель, статистический анализ, межплоскостное расстояние, минимальное расстояние между осями спиралей

Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники

Тихонов Дмитрий Анатольевич,  ,  orcid.org/0000-0002-1779-464X,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Куликова Людмила Ивановна,  ,  orcid.org/0000-0002-7293-1504,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Ефимов Александр Васильевич,  ,  orcid.org/0000-0002-9539-270X,  Институт белка РАН