В данной работе проведен анализ распределения межспиральных углов в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Были разработаны правила отбора спиральных пар в структурах белковых молекул Protein Data Bank. Полученное множество спиральных пар было проанализировано с целью его классификации и установления закономерностей структурной организации. По критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей, полученное множество было разбито на три подмножества. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечения проекций спиралей, охватывает практически весь диапазон углов с одним максимумом в области прямого угла. Большинство пар этого множества составляют спиральные пары, состоящие из α- и 3₁₀-спиралей, а множества с пересечением только проекций спиралей – спиральные пары, образованные двумя α-спиралями. Также показано, что образованные двумя α-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар множества с пересечением проекций и осей спиралей. При этом значительная часть указанных пар имеет острый угол между осями спиралей. Проведен анализ распределения всех типов спиральных пар, принадлежащих различным множествам, в зависимости от длины перетяжки. Показано, что во всех множествах больше всего исследуемых структур с короткой перетяжкой.

структурные мотивы белков, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, угол между осями спиралей

Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники

Тихонов Дмитрий Анатольевич,  ,  orcid.org/0000-0002-1779-464X,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Куликова Людмила Ивановна,  ,  orcid.org/0000-0002-7293-1504,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Ефимов Александр Васильевич,  ,  orcid.org/0000-0002-9539-270X,  Институт белка РАН