Правильная параметризация простых механических моделей ДНК является одной из важнейших задач при теоретических исследованиях данной макромолекулы. Одной из главных помех для выполнения задач параметризации является неверная интерпретация многих экспериментальных данных при сравнении с простыми моделями. Настоящее исследование посвящено путям решения данной проблемы. На примере модели Пейярда-Бишопа-Докуса рассмотрены проблемы учёта степеней свободы оснований в механической модели ДНК. Показано, что при правильной интерпретации данных расхождения теории и эксперимента оказываются на порядки меньше, чем принято было считать ранее. Сформулированы основные концепции сравнения теории с экспериментом: концепция локальной кооперативности при радиальном открывании дуплекса и концепция эффективной пороговой координаты при описании открытого состояния ДНК в радиальных механических моделях. Показано, что в рамках данных концепций правильная интерпретация экспериментальных данных может нивелировать их расхождение с теорией.

открытые состояния ДНК, механические модели ДНК, модель Пейярда-Бишопа-Доксуа, параметризация моделей, локальная кооперативность, радиальная модель ДНК

Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники