Головная страница ИПМ Библиотеки, издания  •  Поиск публикаций  English 
Публикация

Препринт ИПМ № 72, Москва, 2019 г.
Авторы: Данилкович А.В., Тихонов Д.А.
Биoгeли. Структурныe oсoбeннoсти кoмплeксoв aнтипaрaллeльных и пaрaллeльных пeптидoв H-(RADA)4-OH сo слoями в syn-oриeнтaции
Аннотация:
В водно-солевых растворах молекулы пептида H-(RADA)4-OH самоорганизуются в фибриллы длиной в сотни нанометров, образуя биогель, пригодный для создания оптимальной среды роста и дифференцировки клеток позвоночных. Филаменты фибрил сложены из пептидов в β-конформации так, что два внешних слоя сформированы заряженными группами остатков аrg, аsp, а внутренний - состоит из метильных групп остатков аlа. Взаимная ориентация пептидов H-(RADA)4-OH в составе филамента пока не определена и этому вопросу посвящена данная работа. Методом молекулярной динамики были исследованы структурные особенности двух комплексов c β-слоями из параллельных или антипараллельных пептидов (AMBER v.11, силовое поле ff03 при 300K). Определено, что комплекс антипараллельных пептидов характеризуется наименьшими величинами свободной энергии и среднеквадратичного отклонения координат атомов при 300K, что, очевидно, отражает особенности самоорганизации пептидов H-(RADA)4-OH.
Ключевые слова:
биoгeли, структурa филaмeнтa, сaмooргaнизaция, иoнныe пeптиды
Язык публикации: русский, страниц: 24
Направление исследований:
Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники
Полный текст на русском языке: Сведения об авторах:
  • Данилкович Алексей Викторович,  orcid.org/0000-0002-4650-9860,  ФИБХ РАН
  • Тихонов Дмитрий Анатольевич,  orcid.org/0000-0002-1779-464X,  ИТЭБ РАН