Исследование торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул
Аннотация:
В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области 0° и 180°. Распределение спиральных пар подмножества с пересечением проекций спиралей имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области 20°–25°. Образованные двумя α-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от –50° до –25°), в области положительных значений углов (от 20° до 25°) и в области прямого угла (от 70° до 110°).
Ключевые слова:
структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей
Язык публикации: английский, страниц:16
Направление исследований:
Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники
