В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области 0° и 180°. Распределение спиральных пар подмножества с пересечением проекций спиралей имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области 20°–25°. Образованные двумя α-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от –50° до –25°), в области положительных значений углов (от 20° до 25°) и в области прямого угла (от 70° до 110°).

структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей

Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники

Тихонов Дмитрий Анатольевич,  ,  orcid.org/0000-0002-1779-464X,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Куликова Людмила Ивановна,  ,  orcid.org/0000-0002-7293-1504,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Ефимов Александр Васильевич,  ,  orcid.org/0000-0002-9539-270X,  Институт белка РАН