В данной работе проведен анализ распределения площадей и периметров полигонов пересечения проекций спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных нами согласно разработанным правилам из структур белковых молекул, представленных в PDB. Показано, что спиральные пары всех типов, принадлежащие подмножеству пар, имеющих пересечение проекций спиралей, но не имеющих пересечения осей спиралей, имеют площади и периметры полигонов пересечения, значения которых малы или близки к нулю. Среди всех типов спиральных пар, принадлежащих подмножеству пар, имеющих пересечение проекций и осей спиралей, нет пар, имеющих малые или близкие к нулю значения площадей и периметров полигонов пересечения проекций спиралей. Максимум распределения пар, образованных двумя α-спиралями и принадлежащих данному подмножеству, отмечен при значениях площадей и периметров полигонов пересечения проекций спиралей, лежащих в области от 70 Å до 150 Å и в области от 30 Å до 45 Å, соответственно.

структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, площадь и периметр полигона пересечения проекций спиралей

Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники

Тихонов Дмитрий Анатольевич,  ,  orcid.org/0000-0002-1779-464X,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Куликова Людмила Ивановна,  ,  orcid.org/0000-0002-7293-1504,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Ефимов Александр Васильевич,  ,  orcid.org/0000-0002-9539-270X,  Институт белка РАН