Данная работа посвящена созданию базы данных структурных мотивов белковых молекул, состоящих из двух элементов вторичной структуры, имеющих уникальные укладки полипептидной цепи в пространстве. Исследуемые мотивы представляют собой пары любого типа спиралей, соединённые между собой перетяжками различной ненулевой длины и различной конформации. Для каждой структуры рассчитаны геометрические параметры. Интерфейс базы данных позволяет выполнять операции поиска, сортировки, фильтрации по всем параметрам, что дает возможность получать выборки структур с заданными геометрическими характеристиками. Также интерфейс системы позволяет проводить статистический анализ и строить гистограммы распределения различных характеристик структур в выборке. Таким образом, имеется возможность исследовать корреляцию геометрии пространственных структур исследуемых мотивов с аминокислотной последовательностью. Система позволяет выгружать полученные выборки в файловую систему в формате CSV. Формат выгрузки и набор выгружаемых данных настраиваются в интерфейсе. Выгрузка может содержать как все геометрические характеристики интересующих структур, так и соответствующие аминокислотные последовательности. Интерфейс базы данных позволяет также просматривать 3D модели интересующих структурных мотивов.

структурные мотивы белковых молекул, база данных, спиральные пары, межспиральные расстояния, углы между осями спиралей, площадь пересечения проекций спиралей

Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники

Руднев Владимир Ремович,  ,  orcid.org/0000-0001-9618-346X,  Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Тихонов Дмитрий Анатольевич,  ,  orcid.org/0000-0002-1779-464X,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Куликова Людмила Ивановна,  ,  orcid.org/0000-0002-7293-1504,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН

Губин Михаил Юрьевич,  ,  orcid.org/0000-0002-7982-4605,  Национальный исследовательский Томский политехнический университет

Ефимов Александр Васильевич,  ,  orcid.org/0000-0002-9539-270X,  Институт белка РАН