Головная страница ИПМ Библиотеки, издания  •  Поиск публикаций  English 
Публикация

Препринт ИПМ № 176, Москва, 2018 г.
Авторы: Тихонов Д.А., Куликова Л.И., Ефимов А.В.
Исследование межспиральных углов в спиральных парах белковых молекул
Аннотация:
В данной работе проведен анализ распределения межспиральных углов в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Были разработаны правила отбора спиральных пар в структурах белковых молекул Protein Data Bank. Полученное множество спиральных пар было проанализировано с целью его классификации и установления закономерностей структурной организации. По критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей, полученное множество было разбито на три подмножества. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечения проекций спиралей, охватывает практически весь диапазон углов с одним максимумом в области прямого угла. Большинство пар этого множества составляют спиральные пары, состоящие из α- и 310-спиралей, а множества с пересечением только проекций спиралей – спиральные пары, образованные двумя α-спиралями. Также показано, что образованные двумя α-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар множества с пересечением проекций и осей спиралей. При этом значительная часть указанных пар имеет острый угол между осями спиралей. Проведен анализ распределения всех типов спиральных пар, принадлежащих различным множествам, в зависимости от длины перетяжки. Показано, что во всех множествах больше всего исследуемых структур с короткой перетяжкой.
Ключевые слова:
структурные мотивы белков, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, угол между осями спиралей
Язык публикации: английский,  страниц: 25
Направление исследований:
Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники
Полный текст на английском языке:
Статистика просмотров (обновляется раз в сутки):
за последние 30 дней — 1 (-7), всего с 01.09.2019 — 96
Сведения об авторах:
  • Тихонов Дмитрий Анатольевич,  orcid.org/0000-0002-1779-464X,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, ИТЭБ РАН
  • Куликова Людмила Ивановна,  orcid.org/0000-0002-7293-1504,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН
  • Ефимов Александр Васильевич,  orcid.org/0000-0002-9539-270X,  Институт белка РАН