Работа посвящена применению математических и компьютерных методов для исследования одной биологической структуры. Постановка задачи связана с Теоремой для структурных генов или генов кодирующих белки (Козлов Н.Н. ДАН (Математика). 2007. Т. 412. № 5. (в печати)). Из Теоремы следует, что полный набор пар для 20 аминокислот – 400 пар – образует два почти равных по величине множества. Использование кодировок в одном из них может создавать для каждого гена множественные блокировки во всех пяти последовательностях, альтернативных гену. Другое множество не может иметь никакого отношения к созданию блокировок, а используется природой для решения других задач. Одна из них связана с формированием вторичной структуры матричной РНК – мРНК – это копия гена, считанная с ДНК. В работе приводятся результаты исследования указанных задач для одной из наиболее известных таких структур – мРНК MS2. Элементы вторичной структуры исследовались на основе подхода, разработанного ранее в ходе математического анализа перекрывающихся генов. Проведенный анализ показал, что множество пар аминокислот, которые использует природа для построения вторичной структуры указанной мРНК, содержит пары первого множества, что получило свое объяснение на основе указанной Теоремы.

вторичная структура, перекрывающиеся гены, генетический код, вырожденность кода, блокировка генов, мРНК MS2, 16S-рРНК.

Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники