В работе обсуждается применение технологий параллельного программирования в программах моделирования молекулярной динамики. Даётся обзор аппаратных платформ, а также программ, в которых они применены. На примере программы моделирования собственной разработки PUMA-CUDA объясняется, каким образом технологии помогают ускорить процесс вычислительных экспериментов. Основная вычислительная сложность заключается в вычислении невалентных взаимодействий, для их расчета применяются графические ускорители. При отсутствии таковых – многоядерные процессоры согласно технологии OpenMP. Технологию MPI рекомендуется применяется для задач, которым недостаточно ресурсов одного вычислительного узла.

программы моделирования молекулярной динамики, PUMA-CUDA, OpenMP, MPI, CUDA